С января 2015 года «Томск авиа» прекратила деятельность из-за отзыва лицензии, в марте 2016 года признана банкротом с кредиторской задолженностью 486 млн. руб.
Однако в прошлом году «Томск Авиа» оказалась в трудной финансовой ситуации. Ее кредиторская задолженность на середину года составила 300 млн руб. Компанию пытались обанкротить ОАО «Авиакомпания «ЮТэйр» из-за долга более чем в 16 млн руб., ОАО «Псковавиа» (около 6 млн руб.)