В апреле 2004 г. был подан иск акционеров ЮКОСа, преимущественно иностранных, в Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ) на сумму $98 млрд в отношении Российской Федерации. Тогда руководители нефтяной компании Михаил Ходорковский и Платон Лебедев уже находились в заключении, но российские власти заверяли акционеров, что не заинтересованы в банкротстве ЮКОСа.
Акционеры властям не поверили и основали в 2005 г. общественную организацию под названием Stichting Administratiekantoor Yukos International. На нее возложили обязанность выплачивать задолженности кредиторам ЮКОСа, а также миссию представлять защиту интересов компании в судах.
Кроме того, на Stichting успели перевести зарубежные активы ЮКОСа — Yukos UK Limited (Великобритания), Yukos CIS Investments Limited (Армения) и Yukos Finance BV (Нидерланды). Иск в ЕСПЧ был поддержан заявлением от имени этих трех «дочек». Произошло это еще до юридического банкротства ЮКОСа.
В 2008 г. российские власти в рамках рассмотрения соответствия условиям приемлемости дела в ЕСПЧ настаивали, что суд не имеет полномочий выносить решение по данному делу, поскольку в результате банкротства ЮКОС прекратил существование. Однако суд в январе 2009 г. принял жалобу акционеров к рассмотрению, а в марте состоялось слушание дела по существу.
В общих формулировках жалоба в ЕСПЧ сосредоточена на экспроприации имущества ЮКОСа правительством России, несправедливости судебного разбирательства, а также произвольном применении закона российскими властями.