По данным газеты «Коммерсантъ», «Ростехнологии» придумали альтернативу передаче «Аэрофлоту» авиакомпаний, которые сейчас управляются госкорпорацией и должны были войти в формируемый ею холдинг «Росавиа». Госкорпорация предварительно договорилась об объединении своих активов с третьей в России авиакомпанией «Сибирь», подконтрольной Наталье и Владиславу Филевым. Объединенная компания сможет опередить по объему перевозок «Аэрофлот», как и планировал глава «Ростехнологий» Сергей Чемезов. Но против этого плана возражает Минтранс. Новый план «Ростехнологий» вызвал в министерстве резкий протест и оно собирается отстаивать план передачи активов «Росавиа» «Аэрофлоту».
Достигнутая договорённость между гендиректором госкорпорации Сергеем Чемезовым, губернатором Петербурга Валентиной Матвиенко (в городе базируется крупнейшая из авиакомпаний «Ростехнологий» — ГТК «Россия»), замминистром транспорта Валерием Окуловым и совладельцами «Сибири» Владиславом и Натальей Филевыми предполагает создание совместной управляющей компании (распределение долей в ней пока неизвестно). Указанная совместная компания будет зарегистрирована в Петербурге и получит в управление все авиационные активы «Ростехнологий», «Сибири» и «Группы С7». Возглавить компанию может Владислав Филев. Одновременно госкорпорация попросит правительство передать ей принадлежащие государству 25,5% акций «Сибири». Затем стороны обменяются финансовыми документами, а после акционирования ФГУПов, которыми управляют «Ростехнологии», проведут их оценку и начнут реальное объединение.
Авиакомпания «Сибирь» создана в начале 1992 на базе Толмачёвского объединённого авиаотряда (Новосибирск), приватизирована в 1994. Головной офис авикомпании находится в городе Обь Новосибирской области. В 2001 компания купила авиакомпанию Внуковские авиалинии и стала второй по величине авиакомпанией России и первой по объёму перевозок на внутренних линиях. В 2002 она стала выполнять 60% своих рейсов из аэропорта «Домодедово«, перенеся центральный офис из Новосибирска в Москву (впоследствии головной офис из Москвы был переведен обратно в Новосибирскую область). В том же году «Сибирь» поглотила армянскую Armavia, а летом 2004 приобрела контрольный пакет Челябинского авиапредприятия.
В 2005 году авиакомпания «Сибирь» первой среди российских авиакомпаний ввела продажу авиабилетов на свои рейсы через Интернет. С марта 2006 года авиакомпания «Сибирь» предлагает свои услуги под зарегистрированным товарным знаком S7 Airlines. С 17 ноября 2008 года все рейсы S7 Airlines выполняются на лайнерах иностранного производства. Полностью остановлена эксплуатация советских самолетов. Ожидается, что в 2010 году авиакомпания станет полноправным членом международного альянса авиаперевозчиков Oneworld. Компания имеет разветвлённую сеть маршрутов с пересадочными узлами в Москве (Домодедово), Новосибирске (Толмачёво, базовый аэропорт) и Иркутске.
Контрольный пакет акций (63,26 %) принадлежит председателю совета директоров ЗАО «Группа компаний С7» Наталье Филёвой, государство владеет ещё 25,5 % акций. Выручка компании в 2008 году по РСБУ составила 31,9 млрд руб., чистая прибыль — 157,14 млн руб. Количество перевезённых пассажиров в 2008 году составило 5 892 548 человек, выполнены 51 422 рейса.