Уставный капитал компании состоит из 248 818 138 акций класса «А» (торгуются на бирже и обладают одним голосом) и 69 497 411 акций класса «В» (не торгуются и обладают 10 голосами).
«Яндекс» провел IPO в мае 2011 г. по $25 за одну ценную бумагу. 10 февраля 2014 г. стоимость акции составляла $39,45. Низшей точки за всю историю торгов акции достигли 30 января 2015 г. — $14,89. В понедельник - 9 февраля 2015 года, бумаги «Яндекса» торговались на Nasdaq по $16,3.
Крупнейший владелец интернет-компании — Аркадий Волож, который владеет 10,8% капитала и обладает 36% голосов. Фонд Baring Vostok Capital Partners, по данным на 14 октября 2014 г., владеет 5,4% капитала и 16,4% голосов.
Среди портфельных инвесторов «Яндекса» самый крупный пакет у Oppenheimer — 11,5% капитала по данным на конец III квартала 2014 г. Vontobel Holding владеет 3,3%.